朱绍侯先生《〈尹湾汉墓简牍〉是东海郡非常时期的档案材料》（《史学月刊》1999年第3期）一文，从东海郡都尉官秩高于太守、小县也设两尉、官职提升与镇压山阳铁官徒起义有关、大量获流及武库存有过量兵器等反常情况，认为《尹湾汉墓简牍》所反映的是东海郡反常时期的档案资料，具有特殊性，不能以此为标准来判断其他文献资料的是非。但卜宪群先生不同意这种看法，他在《也谈〈尹湾汉墓简牍〉的性质》（《史学月刊》2000年第5期）一文中，对《集簿》的性质、太守和都尉的秩次、县尉的设置、长吏的升迁、武库庞大的原因等问题作了剖析，认为《尹湾汉墓简牍》对于西汉历史研究更多的还是资料的补充与佐证，具有一定的普遍意义，但也确实反映了某种非常时期的特殊性，是西汉晚期历史变化的缩影，而非东海郡个案。
李解民先生《尹湾汉墓6号木牍所书其它文字初探》（《简帛研究》第三辑，广西教育出版社，1997年）一文，探讨了《永始四年武库兵车器集簿》木牍正反两面所书文字，最后得出几点结论：（一）6号牍第一部分其它文字是关于诸侯爵位继承人的；（二）6号牍第二部分其它文字是关于寡妇家庭户主继承人的；（三）两部分文字在内容上有共同性，都是有关以血缘关系为纽带的宗法制度下家庭继承人的，前者针对诸侯，后者针对平民；（四）两部分文字与牍文主体的《永始四年武库兵车器集簿》，在内容上没有关系，应是墓主后来随手记上的；（五）它对于研究汉代社会的遗产继承婚姻制度、家庭结构等，具有直接的意义和特殊的价值。他的另一篇文章《〈东海郡下辖长吏名籍〉研究》（《尹湾汉墓简牍综论》，科学出版社，1999年），分“文字补释及释文写定”和“关于若干官制问题的探讨”两编，对尹湾汉简《东海郡下辖长吏名籍》作了详细考订和研究。特别是下编，就名籍中所反映的县邑侯国都官长吏的籍贯、官吏任用的类型分析（有以功迁、以科举迁、以捕斩盗贼不道除、以轻诏除、以军吏、国人补及其他）、官吏俸秩及各类任官方式的俸秩变化等，全面探讨了东海郡下属长吏的官职、籍贯、来源、调任等基本情况。
尹湾汉墓简牍载有大量地名，对于订正《汉书·地理志》的记载错误，帮助极大。赵平安《尹湾汉简地名的整理与研究》（《尹湾汉墓简牍综论》，科学出版社，1999年）一文，对整理者所作的可商榷的隶释，结合汉印封泥玺文，重新作了释文。通过对地名的整理，印证了严耕望先生关于县长吏“不但非本县人，且非本郡，但以临近郡国为多”的结论，是对尹湾汉简地名进行的一次系统的整理与研究。
尹湾汉墓简牍用章草和隶书两种字体写成，特别是《神乌傅》草书墨迹，风格独特，运笔细健圆转，字形奇丽多姿，结体舒展自然，布局爽朗悦目，对于研究中国书法史和文字史提供了极其宝贵的实物资料。武可荣《尹湾汉简〈神乌傅〉草书墨迹的艺术特色》一文，认为由于事务繁忙，官员或书吏既要奏事，又要抄写大量官府文书，只有变革隶书使其草化，才能提高工作效率，因此草写书体也就逐渐成了日常工作的实用书体。尹湾汉简出现的草书，并不是偶然的现象，而是社会发展到一定阶段时的产物。此外，1997年，文物出版社以尹湾汉墓简牍书体为主要内容，出版了由连云港市博物馆选编的《连云港市古代书法艺术集萃》，并与扬州博物馆、日本每日新闻社、每日书道会联合推出《江苏连云港、扬州新出土简牍选》等书籍，为书法爱好者提供了临摩的实物真迹，也扩大了尹湾汉简的影响。
于琨奇《尹湾汉墓简牍与西汉官制探析》（中国史研究）2000年第2期）一文，分两部分探讨了西汉官制：（一）对《尹湾汉墓简牍》一书作了文字考释和订补；（二）根据尹湾汉墓简牍中有关东海郡辖长吏名籍为主，对各级官吏的姓名、籍贯、官职等问题，分项列表进行了统计与分析，也探讨了东海郡行政区划名称、吏员统计表的差异及部分官吏的秩次、职能统属关系，并以郡太守属下少府机构的设置为例，说明从统一前的秦到西汉，地方行政机构重心有一个从县到郡的变化过程。
